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En la acuaponia se utilizan los desperdicios de los peces como nutrientes para las plantas. A su vez se utilizan las plantas para filtrar y mantener la calidad optima del agua en que habitan los peces.
Ademas, en la acuaponia se emiten muy pocos residuales o biproductos; el único residuo que se maneja son los desperdicios sólidos acumulados en el tanque, los cuales se pueden convertir en abono y utilizar para mejorar los suelos destinados a la siembra.
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